In silico géntechnológia

Témavezető: Dr. Gyulai Gábor, egyetemi tanár
 
Résztvevők: Kerti Balázs (PhD hallgató), Hidvégi Norbert (tud.mts.Nyíregyháza).
 
Összefoglaló: Az in silico géntechnológiai kutatásaink célja, hogy a rendelkezésre álló klasszikus számítógépes kapacitással kezelhető, és a génbanki adatokból (NCBI) illesztett (BioEdit) és elemzett (MEGA5) DNS szakaszok és teljes cpDNS és mtDNS genomok elemzéséből rokonsági és evolúciós kapcsolatokat állapítsunk meg a termesztett növényekben.
Ezekben a vizsgálatokban, részben kapcsolódva a Régészeti genetikai vizsgálatokhoz, egyik célunk az, hogy a termesztett növények domesztikációjának molekuláris fejlődését állapítsuk meg.
A citoplazmás genomkutatásokban, eddigi vizsgálatainkban, elvégeztük közel száz növényfaj teljes cpDNS-ének összehasonlítását (Ali et al., 2014), melyben arra kerestük a választ, hogy mi lehet az evolúciós oka annak, hogy az egyik legnagyobb cpDNA-ű faj (Cycas) nyitvatermő, és az egyik legkisebb cpDNA-ű Cathaya (Pinaceae) fenyő ugyanúgy a nyitvatermők közé tartozik. Ismert, hogy a cpDNS parazitálja (nem csak szimbiontálja a növényi genomot), mely során állandó génáramlás folyik a cPDNS és a nuDNS között (pl. az A. thaliana teljes cpDNS-e már bent van az 5. kromoszomán). Ennek során a cpDNS génszáma (ezzel mérete) folyamatosan csökken. Extrém példa a klorofill-mentes parazita növények (pl. Cuscuta - aranka) cpDNA-e, amelynek mérete már fele a zöld növények cpDNS-ének.
További célunk, hogy azt az evolúciós lépést rekonstruáljuk, amely során a nyitvatermők cpDNS-ében még megtalálható gének (pl. ycf1) hogyan tűntek el az összes zárvatermő faj cpDNS-éböl.
Nemzetközi együttműködésben folynak azok molekuláris rendszertani kutatások (Al-Hemaid et al., 2014), amely során a kérdéses rendszertani helyű fajok (pl. Echinops mandavillei) molekuláris fajmeghatározását végezzük.
IF Közlemények
Alzohairy AM, JSM Sabir, G Gyulai, RA Younis, RK Jansen, A Bahieldin (2014) Environmental stress activation of plant long-terminal repeat retrotransposons. Func Plant Biology 41: 557–567. IF.2.569
Alzohairy AM, G Gyulai, MF Ramadan, S Edris, JSM Sabir, RK Jansen, HF Eissa, A Bahieldin (2014) Retrotransposon-based molecular markers for assessment of genomic diversity. Func Plant Biology 41: 781–789. IF.2.569.
Ali MA, G Gyulai, N Hidvégi, B Kerti, FMA Al Hemaid, AK Pandey, J Lee (2014) The changing epitome of species identification - DNA barcoding. Saudi J Biol Sci 21: 204–231. IF.0.741
Al-Hemaid FMA, M Ajmal Ali, J Lee, G Gyulai, AK Pandey (2014) Application of internal transcribed spacer of nuclear ribosomal dna for identification of Echinops mandavillei kit tan. Bangladesh J Plant Taxon 21: 33–42. IF 0.367.
Alzohairy AM, G Gyulai, RK Jansen, A Bahieldin (2013) Transposable elements domesticated and neofunctionalized by eukaryotic genomes. Plasmid 69:1–15. IF. 1.744.
Alzohairy AM, MA Yousef, S Edris, B Kerti, G Gyulai, A Bahieldin (2012) Detection of LTR Retrotransposons reactivation induced by in vitro environmental stresses in barley (Hordeum vulgare) via RT-qPCR. Life Science J 9: 5019–5026. IF.: 0.3.
Közlemények
Mansour A, JA T da Silva, G Gyulai (2009) Assessment of Molecular (Dis)similarity: The Role of Multiple Sequence Alignment (MSA) Programs in Biological Research. Genes, Genomes and Genomics 3:23–30.

 

 

Hungarian